Génomique

Bandeau Amadeus

Analyses des microbiomes et annotation experte des séquences génomiques (Amadeus)

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AMADEUS est une plate-forme BIOSIT, permettant à la communauté scientifique une exploitation maximisée des séquences génomiques.  Ses missions;

  1. Corriger et valider les annotations existantes (curation) Il s’agira d’assurer la complétude (exhaustivité) et la consistance (absence d’erreurs) des annotations. Les erreurs «traquées» concerneront l’ensemble des connaissances nécessaires à la modélisation des objets génomiques (positions, orientations et localisations, descriptions, sites fonctionnels). L’objectif est d’annoter, de la manière la plus fiable possible, en adéquation avec le contexte et les connaissances biologiques.
  2. Analyser et inférer de nouvelles annotations (découverte) Les inférences se feront par intégration de méthodes d’analyse intrinsèques (i.e méthodes probabilistes) et extrinsèques (i.e génomique comparative), de façon globale puis locale en suivant un pipeline d’heuristiques. La nature et l’ordre des règles heuristiques changeront en fonction des projets, puisqu’ils dépendent de la nature des organismes et des gènes étudiés.
  3. Proposer une formation « à la carte » aux chercheurs qui souhaitent apprendre ou approfondir leurs connaissances en annotation et en bio-analyse.

Exemple de services réalisés en 2011 :

  • – Assemblage et annotation de génomes et méta-génomes;
  • – Analyse d’un groupe de gènes orthologues et reclassification;
  • – Formation en petits groupes.

Localisation

La plate-forme est située actuellement dans les locaux de la faculté d’odontologie de Rennes. Bâtiment 15, pièce 210, campus de Villejean, Rennes.

Responsable scientifique, Frédérique BARLOY-HUBLER

Responsable administratif, Martine BONNAURE-MALLET

 

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